Erkek genital organlarında aileleri en sık endişeye sürükleyen şey penis boyunun kısalığıdır (kısa penis). Bilinmesi gereken en önemli şey penisin boyunun kısa olması yani mikropenisin son derece nadir bir hastalık olduğudur. Genellikle kromozomal veya hormonal hastalıklara bağlı olarak ortaya çıkar. Hormonal hastalıklara bağlı oluşan penis kısalığı, tedavi ile oldukça iyi sonuçlar vermektedir. Ülkemizde en sık gördüğümüz penis şekil bozukluğu sünnet sonrası ortaya çıkan gömük penis durumudur. Özellikle kilolu çocuklarda sünnet yapılırken pipiyi vücut dışında tutan bağlara dikkat edilmez ve sünnet sonrası pipi göbeğin içine yağ katmanları arasında görüntüden kaybolur.
Penisin zaman ile dışarı çıkmasının beklenmesi önerildiği için bu çocuklar ergenliğe ne yazık ki özgüven eksikliği ile girerler. Bu hastalarda kilo verilmesi genellikle penis boyunun yeterli uzunluğa erişememesi ile sonuçlanır. Bu çocuklarda sünnet sonrası düzeltme cerrahisi ile penis gömük olduğu alandan dışarıya sabitlenerek olması gerektiği pozisyona getirilebilir. Bu cerrahi girişimin hem penis pozisyonel gelişimi hemde psikolojik nedenler ile 10 yaş öncesi olması önerilmektedir. Cerrahi girişim değişik tekniklerle yapılsa da genellikle çocuk aynı gün evine gidebilir.
Diğer bir ergenlik öncesi düzeltilmesi gereken doğumsal anormallik ise penis eğriliğidir. Çocuklarda eğri penis ya da penis eğriliği ebeveyn tarafından çocuğun ereksiyonu sırasında fark edilir. Penis eğriliği ile beraber penis idrar deliğinde anormallik (hipospadias) olması sıktır. Tek başına olan penis eğrilikleri günübirlik bir cerrahi girişim ile düzeltilebilinir. Çocuk aynı gün evine gönderilebilir.
Penis kısalığı veya eğriliği şikayeti sık şikayet nedeni olsa da bu şikayetleri olan her hastanın tedavi edilmesi gerekmediği bilinmelidir. Tüm organlar arasında işlevselliği ile öne çıkan penis, fonksiyonları etkilenmediği sürece doğal hali ile korunmalıdır.