Ülkemizde uygulanan en sık cerrahi girişim sünnettir ama ne yazık ki hak ettiği önemi ancak istenmeyen sonuçlar ortaya çıktığında görmektedir.
Aileler sıklıkla hekimlere sünnet derisinin el ile sıyrılamaması veya pipi ucundaki beyaz renkli iltihabi görünüm nedeniyle acil sünnet istemi ile başvurmaktadır. Sünnet derisinin sıyrılabilirliği ve iltihab görünümlü beyaz sıvı uzman olmayan kişilerce acil sünnet gerektiği söylenerek suistimal edilebilmektedir.
Sünnet derisi 3 yaşa kadar el ile sıyrılamaz ve buna fizyolojik fimozis adı verilir. İşemesi rahat olmayan sünnet derisi balonlaşarak damla damla işeyen veya sünnet derisi kızarıp ağrılı işemeye neden olan durum ise fimoz olarak adlandılır ve gerçekten de acil sünnet gerektirir. Bunun dışında olan sünnet derisinin sıyrılmama durumunun tedavisinde bazen el ile sıyırma egzersizleri yapılagelse de bunun özellikle fimoz nedeni olduğu bilinmekte ve artık kesinlikle önerilmemektedir. Beyaz renkli iltihabı sıvının da özellikle temizlenmesine gerek yoktur. Bu sıvı smegma adı verilen sünnet derisinin pipinin ucundan ayrılması için vücut tarafından oluşturulan özel bir yapıdır ve mikrop ile ilişkisi yoktur.
Çocuklarda sünnet bazen tıbbi olarak gerekli olabilir. İdrar yolu enfeksiyonu riskini azaltması nedeniyle prenatal hidronefroz ve vezikoüreteral reflü gibi durumlarda yapılması erken yaşta önerilmektedir. Bunun haricinde ülkemizde genellikle 7 yaş üzerinde lokal uyuşturma ile geleneksel sünnetçiler tarafından yapılmaktadır.
Sünnet yapılma yaşı tıbbi olarak yoktur. Çocuğun psikolojik gelişimini etkilememek için genel anestezi altında her yaşta sünnet yapılabilinir. Lokal anestezi altında ise doğumun ilk 2 ayında yenidoğan sünneti ya da 7 yaş sonrasında uygulatılabilinir.
İdeal sünnet genel anestezi altında cerrahi olarak dikişli yapılan sünnettir ve işlem sonrası ağrı 24 saat boyunca çocuk genel anestezi altında iken yapılan özel bölgesel iğneler ile sağlanır. Ayrıca sünnet için eskiden yapılagelen baskılı sünnet pansumanlarına gerek yoktur. Sünnet sonrası çocuk bezini ya da iç çamaşırını giyebilmelidir. 48 saat sonrası yıkanabilmeli ve kontrol pansumanları olmamalıdır. Sünnetin geleneksel lezzetinin alınabilmesi için çocuk ve ailenin maksimum konforu yakalaması gereklidir.
Sünnet eğer gözle farkedilebilir bir pipi ya da torba bozukluğu var ise (hipospadias gibi) asla yaptırılmamalı ve uzman görüşü alınmalıdır. Sünnet hataları ne yazık ki ülkemizde çok yüksek orandadır. Sünnet hatalarının en sık olanı kozmetik olanlardır. Kısa penis, penisin göbek içine kaçması, penisin torba içine kaçması, sünnet derisinin üzerinde şiddetli yara izi olması sünnet revizyonu olarak adlandırılan bazı günübirlik ve konforlu operasyonlar ile düzeltilebilir. Fonksiyonel bozukluklar ise yani penisin kendisine zarar verildiği idrar yolunun hasar aldığı durumlar daha kapsamlı cerrahi girişimler gerektirir.